Протагонист берется за описание событий 500-летней давности, когда турецкое войско штурмом взяло город Отранто, уничтожив всех его жителей. С тех пор мощи погибших хранятся в «костнице» местного собора. Под впечатлением от увиденного, писатель впадает в творческий экстаз, в котором ему являются Богоматерь и Святая Маргарита Отрантская, а сам он предстает то святым отшельником, то развращенным грешником. Образы накладываются друг на друга, перемешиваются, наполняются болезненным мистико-эротическим содержанием, превращая для автора работу над статьей в безумный полет фантазии…