Картина начинается там, где заканчивается предыдущий фильм. Гигантский мутант Троми уничтожает атомную станцию Тромавилля, но Роджеру Смиту удается спасти жителей городка. Тем временем рождаются два сына-близнеца Роджера - Адлай и Дик. Но Дика похищают прямо из роддома у ничего не подозревающих отца и матери. Дика воспитывают и растят местные головорезы, прививая ему ненависть к людям. В это время Роджер воспитывает Адлая в духе вежливости и доброты к окружающим. Вскоре злой доктор Слаг решает использовать Дика, чтобы подставить Адлая и навлечь на него гнев жителей Тромавилля. Злодей хочет превратить город в свалку токсичных отходов. Адлаю предстоит разгадать дьявольский замысел доктора Слага и спасти Тромавилль от разрушения.

Атомная школа: Возвращение (2013)
Атомная школа (1986)
Атомная школа 2 (1991)
Атомная школа: Возвращение. Часть 2 (2018)