Отдых Соника и Тейлза прерывает тревожащая новость: доктор Эггман взял в заложники дочь президента. Теперь по требованию злодея им предстоит отправиться в Эггманлэнд и остановить Тёмного Эггмана, его роботизированную версию, и предотвратить взрыв вышедшего из-под контроля генератора, который может уничтожить всю планету.